会社と代表者の自己破産を同時に申立する場合、会社の本店所在地または代表者の住所地を管轄する地方裁判所に自己破産の申立をすることになります。

滋賀で事業をしていても、事業を閉めた後、東京に引っ越しして代表者の住民票を移せば、会社の本店所在地である滋賀（大津・彦根・長浜）で会社と代表者の破産申立をすることも可能ですし、代表者の住所地である東京で会社と代表者の破産申立をすることも可能です。

ただし、破産申立の準備のことなどを考えれば、事業をして、これまで住んでいた滋賀の裁判所に申し立てた方がよいと思います。

なお、滋賀で破産申立をする場合には、滋賀の弁護士に依頼をした方が、準備の関係などでもスムーズにいくことが多いと思われます。